公积金贷款的利率要比商业贷款的利率要低，这是两者最明显的区别。因为公积金贷款是国家政策性贷款，在利率方面的公积金贷款都比同级的商业贷款要低，如下表所示：
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贷款期限 |
基准利率（%） |
住房公积金贷款利率（%） |
| 6个月以内（含6个月） | 5.60 | 4.00 |
| 6个月以内（含6个月） | 6.00 | 4.00 |
| 1年至3年（含3年） | 6.15 | 4.00 |
| 3年至5年（含5年） | 6.40 | 4.00 |
| 5年以上 | 6.55 | 4.50 |
公积金贷款只能专款专用
商业贷款的名目繁多，用途广泛。而公积金贷款只能用于购建住房或翻建、大修自有住房，不能另作他用，办理时必须提供购买住房的合同、协议等有效证明文件。
公积金贷款申请条件高、额度有限
虽然公积金贷款的利率要比商业贷款的利率要低，但贷款所要求条件较多，申请有难度，不是每个人都能享受得到。通常要求申请人必须连续正常缴纳住房公积金满一年或一年以上；有稳定的职业和收入，信用良好，有偿还贷款本息的能力。额度方面，大部分城市都规定了单笔住房公积金贷款的最高额度，比如广州最高贷款额为80万元，成都为40万。公积金贷款并没有在全国统一的标准，具体要求和额度以当地政策为准。
公积金贷款利率没有折扣优惠
商业贷款可以根据贷款情况有一定的浮动。首套房商业贷款利率通常有优惠折扣。于是有些人去办住房公积金贷款的时候跟银行要利率折扣优惠。结果肯定是不可以的。上面说过公积金贷款是政策性贷款，这里面有两层意思：一是公积金贷款本身就已经享受了政策补贴，所以公积金贷款利率不会再有优惠折扣。二是，公积金贷款不是银行的商业行为，银行无权浮动公积金贷款的利率，除非政策变动。现在公积金贷款都是按央行公布的公积金基准利率执行。
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