相对其他的交易来说，由于融资方必须有足额的债券作抵押，因此债券回购作为一种安全性高、收益稳定的投资品种，已成为一些机构对资金进行流动性管理的工具之一。
债券回购有什么风险？
一般来说正回购(即用债券做抵押向市场融资)风险很大，而对于证券交易所交易的逆回购(即把资金借给别人收取成交时所约定利率所对应的利息)则是低风险的。
（一）由于国家宏观经济形势的变化以及周边国家、地区宏观经济环境和周边证券市场的变化，以及由于国家法律、法规及相关政策、规则发生变化，可能引起证券市场价格波动，并可能给投资者造成经济损失。
（二）由于无法控制和不可预测的系统故障、设备故障、通讯故障、电力故障等可能导致证券交易系统非正常运行甚至瘫痪，可能导致投资者的交易委托无法成交或无法全部成交，并可能给投资者造成经济损失。
（三）根据证券登记结算公司的业务规则以及关于结算风险管理的相关规定，在债券回购的结算过程中，证券登记结算公司有可能依照有关业务规则或约定处置质押券，并有可能间接给投资者造成经济损失。
（四）其他风险，包括由于证券公司内部控制不严导致的违法违规风险或违约风险、技术风险、不可抗力因素导致的风险和投资者操作不当导致的风险等等，均可能给投资者造成经济损失。
